داستان «مرجان» با الهام از وقایع واقعی و با تمرکز بر معضل خشونت علیه زنان در برخی خانواده های سنتی روایت می شود. فیلم ماجرای دختری به نام مرجان را دنبال می کند که به اجبار خانواده باید با پسرعمه اش ازدواج کند، در حالی که دل در گرو فرد دیگری دارد. فرار او از خانه، همه چیز را دگرگون می کند و پیامدهای سنگینی برای خود و خانواده اش رقم میزند